其实碇源堂就是要让第十二使徒闯入地底下的中央教条区域，从而让六号机下去阻止。
至于为什么要让六号机前往中央教条区域组织？
原因是六号机本身就是月球上被现的第六个亚当。
被seLLe从中抽离灵魂，巨大的身躯制作如今mark。6号eVa机体，灵魂则是放入一个少年的躯体，变成第一使徒——渚薰。
亚当的后代回归亚当，莉莉丝的后代回归莉莉丝。
第十二使徒回归亚当也就是融合了mark。6号eVa机体，在开启第三次冲击仪式的基础上，还要献祭一个使徒。
也就是把莉莉丝给杀掉，然后成功引第三次冲击，把全球范围的陆地生物差不多全部净化。
第二次冲击净化了海洋，第三次冲击净化了陆地，第四次冲击净化了灵魂。
在《新世纪福音战士：Q》的剧情中，出现的无头初号机并非新生命体，而是初号机在特定状态下的形象。
在第三次冲击生后，大地上出现了许多长得像eVa的红色无头形象，被称为“Infinity”。它们是人类灵魂的物质化，因第三次冲击被中途阻止，没有汇聚到guf之门而形成。在外形上与初号机有相似之处，但并非真正的初号机。
初号机本身是人类补完计划的重要组成部分，拥有成为使徒的一切潜能，其中融入了碇唯的灵魂。在《福音战士新剧场版：Q》中，初号机被封印在卫星轨道上，后被明日香和真希波夺回。
冬月耕造放下棋谱，对加持说：“在此之前，我们受seLLe和联合国的调查，准备要到外面一阵子。
这段时间我们不在，就由渚薰和你一起来管理总部。”
加持问：“怎么？这么快就对你们调查了？这事情刚结束不久，后面的安排还需要你们来操作。现在就要开始了，不太合理。”
碇源堂：“没有什么事情是合理的，初号机虽然交出去了，但他们依旧不放心。与其等待他们上门，还不如我们自己先走。”
加持无奈耸了耸肩膀：“这个活真是不轻松啊……”
碇源堂接着又安排：“天启这个人你好好用，他可是能阻止突事件的重要支柱力。我不在的时候你们就是最高的指挥权。”
说完。碇源堂起身和冬月耕造便离开司令办公室。
加持看着碇源堂的位置，冷笑一声：“暂避锋芒吗？那我的暗中建立也该差不多了。我的时间所剩无几，能把一切知晓的事情都交给美里她。”
neRV总部休息区
黄哲田和加持坐在椅子上，喝着饮料看着窗外后勤部队正在维修。
加持把手中的咖啡放下，开口对黄哲田说：“我有时候真的想不明白你到底是怎么的存在，拥有使徒的能力却不是使徒，有着人类的身躯却有出该有的范围。”
黄哲田喝一口橙汁转头看着加持：“你组建起来的队伍我会和明日香他们一起守护，但请你不要把我的身份告诉他们。目前就你一个人知道我的真实身份，后面的剧本很快就要对上。我能否保住你，就看碇源堂留给我们什么。”
加持吸口烟，缓缓吐出：“死我虽然怕，但面对真相的近在咫尺却不能得知，对于我来说比起死更难受。碇司令他们要离开总部一阵子，接下来的时间里由我和渚薰来接手管理。”
黄哲田：“不打算把所有的秘密告诉美里她吗？要我告诉的话很难让她相信，自己全力保护的东西到头来却是个笑话。”
原著中加持的死去，让美里性情大变。过去的性子全部卸掉深埋在心底，换上沉着冷静，处事不惊的领袖葛城美里。
至于新剧场版加持的死去是他驾驶飞行器前往地下中央教条区域用不为人知的手段把两把枪封印住被第十二使徒控制的六号机。（朗基努斯之枪，卡西乌斯之枪。）
成功阻止了第三次冲击仪式，成为人类的救世主。
但最后也死于在中央教条区域里。
加持把吸完的烟头用力掐灭，拍了拍身上不存在的烟灰：“嗯，我会跟她说。我在捣毁欧洲支部基地时，从里面的数据库里找到了净化反装置，做了最坏的打算。”
黄哲田把易拉罐拧扁，又问：“你这么做可是不留给自己活路，就算碇源堂不出手，但其他人呢？说不准……”
加持又从烟盒里拿出一根烟点燃：“这不是问题，我早就习惯了。真希波可以协助你和明日香前行，对于她我还是很放心。就是她这个人有点懒罢了，其他方面没得说，可以放心把背后交给她。”
黄哲田站起来伸个懒腰，打个哈欠：“唉，不得不说你准备的后手挺不错。就是自己的却没有多少，对了。你准备建立的新组织名字起了吗？”
加持痞笑道：“嗯……就叫i11e组织吧。”
“嗯，很有含义。不过当下感觉有一种风雨欲来，但我答应的事情肯定会兑现。”