一天后
neRV总部地表
飞行器缓缓降落，机门打开，在等待的碇源堂和冬月耕造两人踏上放下来的阶梯。
他们这次行动是要前往俄罗斯伯大尼neRV分部基地。
其实碇源堂和seLLe的意念早就不合，双方彼此之间都在维持在一个微妙平衡点。
seeLe组织的计划是“人类补完计划”。其目的是利用莉莉丝的力量，让人类摆脱肉体的束缚，升华成为一种新的存在形式，以另一种形态继续存在。
seeLe认为人类存在着许多无法改变的问题，如战争等，而通过该计划，所有人类的灵魂将融合为一个整体，不再有孤独、不安等情感，也不再有个体之间的隔阂，以此实现人类的进化。
但碇源堂却在seLLe的计划基础上另外做出自己的计划。
和seLLe想要完成的目标背道而驰。
碇源堂的计划目的是自己成神并复活碇唯。
碇源堂深爱着碇唯，碇唯在初号机试验中消失后，他为了达成自己的目的，主动向seeLe的基尔议长提议，全力执行人类补完计划。他的计划是打败一切使徒，引第三次冲击，开启人类补完。在这个过程中，他试图通过特定的方式进入只有灵魂共存的世界，找到碇唯。然后使用朗基努斯枪等手段“弑神”，让自己和碇唯一起成为神，从而实现永远在一起以及或许能带着碇唯回到过去生活的愿望。
可碇源堂万万没想到，碇唯从始至终都没有想和他见面。
在《新世纪福音战士：终》里，碇源堂进入负宇宙的假想空间里寻找碇唯的身影，却找来找去都是绫波零的复制体身影。
这让他很是绝望，但最后在碇源堂直面自己的儿子碇真嗣后，才恍然大悟。
碇唯一直就在自己身边，留给他的正是儿子。
现在碇源堂要做的就是和冬月耕造在伯大尼基地里做好应对后面突准备。
冬月耕造在伯大尼基地里的所有研项目全部完善落实。
四把钥匙和其他复制使徒的量产都要一套完整工业流水线制造。
其中一把钥匙现在还放在neRV总部那里，以总部现在的防御线一点都没法应对后面到来的使徒。
这是碇源堂计划的一部分，一把钥匙被拿走后，后面还是自己上门拿的。
只不过以初号机作为动力源的希望号，还是先暂时分离，太容易被得到反而太容易被察觉。
毕竟加持还在，以加持老辣眼光不难现这其中的猫腻。
neRV总部司令办公室
渚薰穿着司令服，坐在碇源堂平时坐的位置上。
加持则是站在落地窗面前，看着外面破败不堪的战场。
渚薰背靠在椅子，微笑道：“接下来我们要做的事情很多了。”
加持：“从哪一步开始？”
渚薰：“等封印下面中央教条区域的时候。不过很不幸，它来了。”
话音刚落，正式应上渚薰的话。
滴滴滴——嗡！！！
整个neRV总部警铃大响
黄哲田推门进来，对两人说：“使徒又来了，我们该前往地下中央教条区域，外面的联合国防御线根本抵挡不了！”
渚薰紧急起身道：“不好，我的mark。6机体还在外面！那我们赶紧走，加持你来坐镇指挥室，我和天启过去就行。”
初号机在昨天就被封印带走离开日本，碇源堂的离开就注定初号机不会就在日本。
neRV总部指挥室
美里下令众人把第十二使徒坐标显示出屏幕，却现第十二使徒在总部的机库内，由蓝色图标变成橘色图标！