还有另外一个组织——seeLe！它是一个神秘且具有巨大影响力的组织。
seeLe早在“第二次冲击”之前就已存在，是不为世人所知的秘密结社组织，触手遍及世界各地，能干涉联合国事务。其中心人物是基路·洛仑兹，最高层成员人数不明。
seeLe的目标是遵循“死海古卷”的剧本，通过引“冲击”事件来启动人类补完计划。他们想externatea111ifeonearthandrep1aceitith1ifeforborniththe“fruitof1ife”，即消灭地球上的所有生命，用带有“生命之果”的生命形式取而代之，人工促进人类进化为完全的神。
与neRV的关系，seeLe是neRV的幕后操纵者，通过掌控neRV来推行人类补完计划。”
说完这些，加持停顿一下，对大家说：“怎么？是不是觉得很荒谬？但这就是事实，我手上的证据多的是。毕竟我是在你们碇司令身边的人，事到如今我不得不说出这些。所以大家赶紧组织起来，把总部能用的上东西转移走，这里已经不能再待下去！”
整个指挥室的人们议论纷纷，但看到碇源堂拿出一份补完计划的复制文件u盘放上屏幕，大家这才相信。
赤木律子呆呆看着屏幕上的一句一言，她内心的大厦瞬间崩塌。
中央教条区域入口
特号机x从入口一跃而下，背后的两个涡轮喷气动机一声轰鸣，在留下一个团雾气直接加冲下去！
轰！！！
黑之月核心处，黄哲田感受到脚底下的地面正在明显上升！
被朗基努斯之枪钉在十字架上的莉莉丝被第十二使徒入侵的mark。6机体拔出来。
此时的六号机手上拿着一把渚薰从月球带来的卡西乌斯之枪，另外一只手拎起被它砍下莉莉丝的头颅。
失去头颅的身体，脖颈缺口的鲜血像瀑布一样，哗啦啦流下来。
黄哲田看后现还有一把朗基努斯之枪没有出现，扫描眼一看，长枪插在莉莉丝的脚底面上。
体型有些变大的六号机头顶处呈现一个大型光环，六号机被十二使徒控制后整个机体硬生生钻入莉莉丝的脖颈里！
它要开启第三次冲击！
生命果实和献祭一个使徒以及回归亚当融入莉莉丝各种条件都具备，接下来就是打开guF之门！
黄哲田控制特号机x飞向莉莉丝脚下的朗基努斯之枪，一把捡起来来到巨型化的六号机面前，对准六号机脑门用力一戳！
叮——哐！！！
特号机x全力一击被六号机手中握住的卡西乌斯之枪一个撞击错开，紧接着六号机眼手掌粒子变形，亮起一个十字架光柱！
轰——轰！！！
从六号机变形的手掌射出的一道镭射激光擦着特号机x头部打向后方，爆炸的热浪在特号机x身后墙壁升起！
特号机x把朗基努斯之枪抽回来，后退一步后观察四周。
原著中的加持能用飞行器来阻止被第十二使徒控制的六号机起第三次冲击，那一定有原理。
那时候的渚薰很可能参与进来，就算六号机被第十二使徒控制。加持也没那个能力封印得了，肯定是有渚薰的帮助下才能完成！
只不过自己到来后出现了蝴蝶效应，剧情大概有偏差改动。
用卡西乌斯之枪转化为朗基努斯之枪，两把长枪对应封印住六号机和莉莉丝。
停止第三次冲击仪式，就要从六号机手上夺取卡西乌斯之枪！
neRV总部地上新第三东京城市
大地裂开，红色反核污染急剧占领日本每一寸土地，绿色的十字架（灵魂之光）密密麻麻拔地而起。
被第三次冲击仪式召唤出的guF之门遮住整个天空，并且还在不断扩大范围！
在新第三东京城市下方的neRV总部同样也不能被幸免，黑之月从地下慢慢升空破土而出。
neRV总部最后悬浮在空中，这时的neRV总部露出最终的面貌。
一个倒立的巨型三角体，三角底面上就是如今的总部！
黑之月被地底下吸出来，这片区域的重力不再是正常化。